跨境支付程序繁琐
境外买家付出的交易款项，经过四五家银行“转手”之后，整个支付才能最终完成，繁琐的支付程序成了跨境支付程序中**的痛。我国的跨境电商里支付系统不够完善。由于我国的外汇监管、税收等配套制度的不完善，从而造成跨境电商缺乏健全的网上支付系统。目前跨境电商一般都通过第三方支付行业来实现结算。比如说支付宝和易宝支付以及京东网银等。但是由于第三方支付存在通关、退税等复杂的跨境业务问题，从而制约了相关企业跨境支付的开展。目前，我国国内金融机构以及支付企业，国际化程度均较低，国际影响力小，服务能力不足，尚未被海外电子商务企业、买家普遍接受。
跨境支付时耗长
繁琐的步骤，耗时耗力。仅以银行提供的一般贸易流程结构汇流程为例，企业向银行申请后，银行会通知企业人员带上财务章、法人章、公章去银行填写申请单和待查账户银行，通过一个收支号码再到网上服务平台做合同登记和提款登记，然后在往外汇局交纸质的材料申请结汇。跑银行，填单，纸质材料，在互联网时代，中小型企业难以接受如此繁琐的流程。此外，银行的B2B支付需要企业带外管局备案申请额度，这个对于中小型企业门槛太高，流程太复杂，审批不一定通过。第三方支付采取了更加人性化的线上与线下结合的流程，但任然无法满足资金流和信息流完全融合的跨境电商B2B支付需求。
跨境支付成本偏高
跨境支付**的挑战有两个，一个是监管，另一个是怎么利用技术手段把成本降下来。
比如从美国支付一笔款项到中国，可能要经过四五家银行，每家银行都要收一笔费用，如何把这个费用降下来是**的挑战。费率和汇损的问题，以PayPal为例，交易手续费一般是2.8％-3.9％，才外还会产生跨境每笔收取0.5％的跨境费，提现还要额外收取费用。而普通的境外机构、第三方支付、银行等机构提供的跨境B2B支付服务，费率大概在1％左右，但是大多数也没有费率封顶机制，总体收费水平仍然较高。此外，汇损也成为了跨境电商支付成本的主要因素之一。
除此，国内跨境电商规模普遍较小，缺乏足够的现金储备，对冲汇率波动风险的能力不足，同时又缺乏融资渠道，容易发生资金链断裂风险。
洪泽XXX表示，跨境支付环节不够通畅，交易发生后，真正收到资金大概要一个星期，配套金融服务也较为薄弱，人民币与外币的兑换效率有待提高。
企业期盼
跨境支付面临支付环节繁琐、配套金融服务薄弱、币种兑换效率不高等问题，而支付手续繁琐带来的高额成本是支付机构面临的**挑战。跨界航运编制要进行科学规划，提高跨境支付的合作与联合监管机制。由于跨境电子商务涉及多个部门，主要包括海关、工商、税务等机构，而跨境支付机构管理又打破了外汇支付地域的限制。因此，在跨境交易中一定要加强各部门之间的合作，完善好全方位的监管体系。尤其是要加强国内外的监管合作，推动建立合作监管和信息共享机制。
完善平台支付软件的不断更新与改革。在为客户提供外汇结算等相关性服务时，第三方支付必须采取实名认证的手段，以此来确保客户身份的真实性，实时保存所有客户的交易记录。同时，需要与国家公安联网，才会加强和银行间的合作，以便防止黑客的入侵，真正做到保障消费者的权益，这样跨境电商才能够健康、稳定、可持续的发展。